非连续分子动力学模拟方法及其在大分子研究中的应用
Discontinuous Molecular Dynamics Simulation and Its Applications in Macromolecular Studies
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摘要: 计算机模拟技术已成为大分子构象等基础研究的一种重要手段。非连续分子动力学模拟(DMD)与传统的分子动力学模拟(MD)方法有所不同,基于不连续势能和相关的模拟编程方法,运行速度大大提高。本文讨论了DMD方法的特点,总结了DMD方法的应用,重点以蛋白质折叠为例介绍了如何使用DMD方法,最后对DMD方法的发展前景进行了展望。Abstract: Computer simulations have become one of critical tools to study fundamental problems related to macromolecular conformations.Different from conventional molecular dynamics simulation,discontinuous molecular dynamics(DMD) simulation is based upon a discont